\documentclass[a4paper,11pt]{scrartcl} 
%\usepackage[warn]{mathtext}
\usepackage[T2A]{fontenc}
\usepackage[koi8-r]{inputenc}
%\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[english,russian]{babel}
\usepackage{indentfirst}%first paragraph indent
\usepackage{cmap}
\usepackage[unicode=true]{hyperref}
\usepackage{graphicx}
\usepackage{amssymb}
\usepackage{amsmath}
\usepackage{srcltx}
\usepackage{textcomp}
\usepackage{floatflt}
\usepackage{wrapfig}
\usepackage{afterpage}
\usepackage{ccaption}
\captiondelim{. }
\usepackage{xspace}
%научные символы и смайлики \smiley \frownie
\usepackage{wasysym}
\usepackage[noae]{Sweave}
\usepackage{underscore}
%переопределение примечания для KOMA-script
%   [отступ до метки]{отступ}{отступ абзаца}
\deffootnote[2.5em]{1.5em}{1em}{\textsuperscript{\thefootnotemark}}
\setkomafont{sectioning}{\bfseries}
\setkomafont{descriptionlabel}{\bfseries}


%backslash
\newcommand{\bs}{\symbol{'134}}
%degree
\newcommand{\grad}{\ensuremath{{}^{\circ}}\xspace}
%R-акроним
\newcommand{\R}{{\sffamily\bfseries R}\xspace}

\title{\R "--- данные и графики}
\author{\textcopyright{} А.Б.\,Шипунов\thanks{e-mail: dactylorhiza@gmail.com},
     Е.М.\,Балдин\thanks{e-mail: E.M.Baldin@inp.nsk.su}}

\begin{document}
\maketitle

%\tableofcontents
\section{\R и работа с данными}
\label{sec:data}



Команды перемещения по директориям и поиск файлов:
<<echo=TRUE>>=
getwd()
setwd("./workdir")
getwd()
dir()
dir(pattern=glob2rx("*.txt"))
@ 

Просмотр текстовых данных:
<<echo=TRUE,eval=FALSE>>=
file.show("mydata.txt")
@ 

Загрузка текстовых данных:
<<echo=TRUE>>=
read.table("mydata.txt", sep=";", head=TRUE)
@ 



Относительная адресация:
<<echo=TRUE>>=
read.table("../workdir/mydata.txt", sep=";", head=TRUE)
@ 

Указание кодовой страницы:
<<echo=TRUE>>=
read.table(file("mydata-unicode.txt", encoding="UTF-8"),sep=";", head=TRUE)
@ 

Задание имён строк:
<<echo=TRUE,eval=FALSE>>=
file.show("mydata-2.txt")
@ 

<<echo=TRUE>>=
read.table(file("mydata-2.txt", encoding="KOI8-R"), head=TRUE)
@ 

Что делать, если целая часть от дробной отделяется запятой:
<<echo=TRUE>>=
read.table(file("mydata-3.txt", encoding="KOI8-R"), dec=",", h=T)
@ 

Конвертация данных из сторонних форматов:
<<echo=TRUE,eval=FALSE>>=
library(foreign)
help(package=foreign)
@ 

Чтение данных из буфера обмена:
<<echo=TRUE,eval=FALSE>>=
read.table("clipboard")
@ 

Сохранение данных в собственном формате \R:
<<echo=TRUE>>=
x <- "яблоко"
<<results=hide>>=
save(x, file="x.rd")
rm(x)
<<echo=TRUE>>=
dir(pattern=glob2rx("*.rd"))
load("x.rd")
x
@ 

\section{Графики}
\label{sec:graph}

\setkeys{Gin}{width=0.5\textwidth}

Устанавливаем шрифт для X Window (если он есть в системе, естественно):
<<echo=TRUE>>=
<<results=hide>>=
X11(fonts = c("-rfx-helvetica-%s-%s-*-*-%d-*-*-*-*-*-koi8-r", "-adobe-symbol-medium-r-*-*-%d-*-*-*-*-*-*-*"))
setwd("..")
@ 
% plot(1:20, main="Заголовок")
% legend("topleft", pch=1, legend="Мои точки")
% plot(cars)
% title(main="Автомобили 20-х годов")

<<echo=TRUE,fig=TRUE>>=
plot(1:20, main="Title")
legend("topleft", pch=1, legend="My points")
@ 
<<echo=TRUE,fig=TRUE>>=
plot(cars)
title(main="Automobiles (1920-1930)")
@ 

\subsection{Графические устройства}
\label{sec:graph:device}

Создание png-файла:
<<print=TRUE,results=hide>>=
png(file="1-20.png", bg="transparent")
plot(1:20)
dev.off()
@ 

Создание pdf-файла:
<<print=TRUE,results=hide>>=
pdf("1-20.pdf", family="NimbusSan", encoding="KOI8-R.enc")
plot(1:20, main="Заголовок")
dev.off()
embedFonts("1-20.pdf")
@ 


\subsection{Графические опции}
\label{sec:graph:options}

\begin{figure}[ht]
  \centering
  \includegraphics[width=0.6\textwidth]{2hist}
  \caption{Пример eps"=файла (2hist.eps), созданного с помощью \R}
  \label{fig:epsexample}
\end{figure}

<<print=TRUE,results=hide>>=
# Создаётся eps-файл размером 6 на 6 дюймов
postscript("2hist.eps",width=6.0,height=6.0,horizontal=FALSE,onefile=FALSE,paper="special")
# Изменяется одно из значений по умолчанию
old.par <- par(mfrow=c(2,1))
hist(cars$speed)
hist(cars$dist)
# Восстанавливаем старое значение по умолчанию
par(old.par)
dev.off()
embedFonts("2hist.eps")
@ 

\subsection{Разные типы диаграмм}
\label{sec:graph:diagrams}

\setkeys{Gin}{width=0.55\textwidth}

Точечные диаграммы:
<<echo=TRUE,fig=TRUE>>=
dotchart(Titanic[,,"Adult","No"],main='People lost with the "Titanic"')
@ 

\setkeys{Gin}{width=0.8\textwidth}

График"=решётка:
<<echo=TRUE,fig=TRUE>>=
coplot(log(Volume) ~ log(Girth) | Height, data = trees)
@ 

\subsection{Интерактивность}
\label{sec:graph:interaction}

<<echo=TRUE,eval=FALSE>>=
plot(1:20)
text(locator(), "Моя любимая точка", pos=4)
@ 

\section{Как сохранять результаты}
\label{sec:saveresult}

Запись данных в файл:
<<echo=TRUE>>=
setwd("./workdir")
write.table(file="trees.csv", trees,row.names=F, sep=";", quote=F)
setwd("..")
@ 

Запись результатов выполнения команды в файл:
<<echo=TRUE>>=
setwd("./workdir")
sink("1.txt", split=T)
print("2+2")
2+2
sink()
setwd("..")
@ 


\end{document}