Высшим органом Профсоюзной организации ИЯФ является конференция, которая проводится ежегодно в последнюю пятницу ноября. Очетно-перевыборные конференции проводятся через год.

В период между конференциями работу ведет Совет председателей, собирающийся на заседания 4-5 раз в год.

Текущая работа ведется Профкомом, избранным конференцией, комиссиями при Профкоме, профбюро подразделений.

Очетно-перевыборная конференция избирает также контрольно-ревизионную комиссию.

Профсоюзная организация ИЯФ входит в состав Объединенного комитета профсоюза ННЦ СО РАН, который, в свою очередь, - в состав Профсоюза работников Российской академии наук.